Kyläkoulun hallinnosta vastaa koulun johtokunta. Se koostuu Vapaan Kyläkoulun kannatusyhdistyksen (ks. myös Vanhemmat) valitsemista henkilöistä. Tällä hetkellä johtokunnan kokoonpano on seuraava:

Seija Moisio, pj

Laura Pikarla, vpj

Emil Szalecki
Sami Hagelberg

Annukka Kangasniemi

Riku Kemppinen

John McGregor

Jani Koski

Harri Lähdesmäki

Lisäksi koulun johtokuntaan kuuluu kaksi opettajakunnan edustajaa. Tällä hetkellä he ovat vuosirehtorit Aleksi Hatakka ja Janna Herttuainen.

Koulua ylläpitävän kannatusyhdistyksen hallitus vastaa kokoonpanoltaan koulun johtokuntaa, sillä poikkeuksella ettei opettajakunnalla ole siinä omia edustajiaan.