Opetusluvan haltijana ja opetuksen järjestäjänä toimii Vapaan Kyläkoulun kannatusyhdistys ry, jonka varsinaiset jäsenet ovat oppilaiden vanhempia/ huoltajia. Myös henkilökunta ja täysi-ikäiset oppilaat voivat liittyä jäseneksi.  Oletuksena on, että jokaisessa perheessä on ainakin yksi varsinainen jäsen. Kannatusyhdistys on yleishyödyllinen yhdistys, joka vastaa mm. taloudesta ja opetuksen järjestämisen puitteista, ja toimii koulun henkilökunnan työnantaja.

Kannatusyhdistyksen hallinnosta vastaa vuosittain valittava johtokunta, joka kokoontuu noin kerran kuukaudessa. Yhdistyksen sääntömääräiset kokoukset jäsenille pidetään vuosittain keväällä ja syksyllä. Tarvittaessa järjestetään ylimääräisiä kokouksia. Jäsenten osallistuminen kannatusyhdistyksen toimintaan on koulun olemassaolon ja toiminnan takaamisen edellytys.

Yhdistyksen säännöt löytyvät täältä.